Theo đó, ông Trầm Bê và ông Phan Huy Khang bị khởi tố, bắt tạm giam liên quan đến vụ án Phạm Công Danh (nguyên Chủ tịch HĐQT Ngân hàng TMCP Xây dựng Việt Nam - VNCB), nguyên Chủ tịch HĐTV kiêm Tổng giám đốc Công ty TNHH Tập đoàn Thiên Thanh - gọi tắt Tập đoàn Thiên Thanh) và đồng phạm xảy ra tại Ngân hàng TMCP Sài Gòn Thương Tín (Sacombank).

Kết quả giám định của Ngân hàng Nhà nước về việc Sacombank cho 6 công ty của Phạm Công Danh vay 1.800 tỷ đồng khi chưa thẩm định nguồn vốn tự có và nguồn trả nợ vốn vay là chưa thực hiện đầy đủ các điều kiện cho vay theo quy định.

Đến thời điểm giám định, Sacombank gây thiệt hại trong việc cho 6 công ty vay tiền. Việc bảo lãnh của VNCB cho 6 công ty đã gây thiệt hại cho VNCB số tiền hơn 1.835 tỷ đồng. Tại cơ quan điều tra, ông Trầm Bê khai khi Phạm Công Danh đến gặp ông để đặt vấn đề vay tiền, ông đã đồng ý với điều kiện phải có tài sản đảm bảo hoặc tiền gửi. Phạm Công Danh đồng ý với Trầm Bê gửi tiền sang Sacombank để ngân hàng này cho một số công ty của Danh vay tiền. Sau đó, ông Bê dẫn ông Danh gặp Phan Huy Khang triển khai làm thủ tục cho ông Danh vay tiền. Ông Bê thừa nhận hồ sơ vay vốn của 6 công ty không được thẩm định thực tế hoặc thẩm định sơ sài về năng lực tài chính. Khi quyết định cho vay chưa thực hiện đầy đủ các điều kiện theo quy định.

Đối với ông Trầm Bê và 14 cá nhân tại Sacombank có liên quan, Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an cho rằng đã có hành vi sai phạm nghiêm trọng trong việc cho Phạm Công Danh vay. Trước đó, vào tháng 2-2017, Ngân hàng Nhà nước đã phát đi thông cáo cho biết đã ban hành quyết định chấm dứt vai trò quản trị, điều hành của ông Trầm Bê tại Sacombank.

Ông Trầm Bê được biết đến là một đại gia trong lĩnh vực ngân hàng. Năm 2004, ông Trầm Bê tham gia đầu tư và trở thành thành viên HĐQT của Ngân hàng Phương Nam (SouthernBank). Năm 2012, ông bất ngờ rút khỏi ban lãnh đạo của SouthernBank để tham gia vào HĐQT của Ngân hàng TMCP Sài Gòn Thương Tín (Sacombank). Tại đây, ông giữ chức Phó Chủ tịch HĐQT. Ngày 13-8-2015, Ngân hàng Nhà nước (NHNN) đã đồng ý cho SouthernBank và Sacombank sáp nhập. Sau sáp nhập, Sacombank thuộc Top 5 ngân hàng lớn nhất Việt Nam với tổng tài sản đạt 297.184 tỷ đồng; vốn chủ sở hữu đạt gần 24.506 tỉ đồng, trong đó vốn điều lệ là 18.853 tỉ đồng; mạng lưới hoạt động lên đến 563 điểm giao dịch trên toàn quốc và 2 nước Lào, Campuchia; tổng số cán bộ nhân viên là 15.510 người. 

Ông Trầm Bê sau đó đã tự nguyện cam kết ủy quyền không hủy ngang, vô thời hạn cho NHNN hoặc tổ chức, cá nhân do NHNN chỉ định thực hiện đầy đủ các quyền của cổ đông theo quy định của pháp luật và điều lệ của SouthernBank, Sacombank. Điều này đồng nghĩa ông sẽ không tham gia quản trị, điều hành ngân hàng sau sáp nhập.

Ngày 11-11-2015, HĐQT Sacombank đã họp và thống nhất cho ông Trầm Bê thôi giữ chức vụ phó chủ tịch thường trực theo nguyện vọng cá nhân.