Theo Nghị định này, hóa đơn điện tử bao gồm: Hóa đơn giá trị gia tăng là hóa đơn áp dụng đối với người bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ thực hiện khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ. Hóa đơn giá trị gia tăng trong trường hợp này bao gồm cả hóa đơn được khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối chuyển dữ liệu điện tử với cơ quan thuế.

Hóa đơn bán hàng là hóa đơn áp dụng đối với người bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ thực hiện khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp. Hóa đơn bán hàng trong trường hợp này bao gồm cả hóa đơn được khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối chuyển dữ liệu điện tử với cơ quan thuế. 

Các loại hóa đơn khác, gồm: Tem điện tử, vé điện tử, thẻ điện tử, phiếu thu điện tử, phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử hoặc các chứng từ điện tử có tên gọi khác nhưng có nội dung quy định tại Điều 6 Nghị định này.

Nghị định quy định cụ thể việc áp dụng hóa đơn điện tử khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ như: Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, không phân biệt giá trị từng lần bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ. 

Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác thuộc trường hợp rủi ro cao về thuế thì sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, không phân biệt giá trị từng lần bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ…

Nghị định cũng quy định rõ hóa đơn điện tử hợp pháp được chuyển đổi thành chứng từ giấy.