Theo Bộ NN&PTNT, đến nay, cả nước đã xây dựng thành công 746 mô hình chuỗi cung ứng nông, lâm, thủy sản an toàn. Tuy nhiên, số lượng các chuỗi được xác nhận an toàn còn thấp (khoảng 50% so với nhu cầu thực tế).

Về khó khăn trong quá trình sản xuất, phát triển chuỗi, Chi cục trưởng Chi cục Bảo vệ thực vật Hà Nội Nguyễn Duy Hồng cho biết: Hà Nội đã xây dựng được 20 chuỗi rau, quả, nhưng quy mô sản xuất còn nhỏ, phân tán; số hộ sản xuất rau, quả, chè... rất lớn nhưng số doanh nghiệp, cửa hàng kinh doanh rau, quả an toàn còn ít (mới có 280 doanh nghiệp đăng ký hợp đồng bao tiêu sản phẩm cho nông dân với khoảng 42 tấn/ngày) khiến việc tiêu thụ chậm. 

Bên cạnh đó, Nhà nước chưa có chính sách khuyến khích phát triển chuỗi liên kết an toàn thực phẩm rau, quả; chưa có quy định về thông tin tem, nhãn với thực phẩm tươi sống bán lẻ phục vụ việc truy xuất nguồn gốc xuất xứ... 

Giám đốc Hợp tác xã Nông nghiệp Tiền Lệ (xã Tiền Yên, huyện Hoài Đức) Nguyễn Văn Hào cho biết, hợp tác xã đang thực hiện mô hình chuỗi liên kết rau, quả an toàn, song việc quản lý sản xuất gặp khó khăn do nông dân sản xuất quy mô nhỏ. Hiện, chưa có nghị định của Chính phủ cụ thể hóa Luật Chất lượng sản phẩm hàng hóa về kiểm soát nguồn gốc, xuất xứ thực phẩm tươi sống khi lưu thông. Đây là một trong những nguyên nhân dẫn tới rau, quả không an toàn có cơ hội trà trộn với sản phẩm an toàn, tạo môi trường cạnh tranh không lành mạnh, ảnh hưởng đến sản xuất, lưu thông và tiêu dùng. 

Hay như tỉnh Sơn La đã hình thành 40 chuỗi rau, quả an toàn. Trong đó, 15 chuỗi rau với sản lượng 1.800 tấn/năm, nhưng mới tiêu thụ tại các siêu thị, cửa hàng sản phẩm an toàn trong tỉnh và Hà Nội được 513 tấn. Việc phát triển chuỗi rau, quả an toàn của tỉnh này hiện vẫn khó khăn do thị trường tiêu thụ chưa ổn định; trình độ thâm canh, ứng dụng tiến bộ khoa học - kỹ thuật của nông dân còn hạn chế, khả năng cạnh tranh sản phẩm thấp...

Để duy trì các chuỗi nông sản an toàn nói chung và chuỗi rau, quả nói riêng, Chủ tịch Hội Nông dân xã Thanh Xuân (huyện Sóc Sơn) Hoàng Thị Hậu cho rằng: 

Sở NN&PTNT cần đề xuất với UBND TP Hà Nội ban hành chính sách khuyến khích phát triển chuỗi liên kết rau, quả an toàn bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm; đồng thời, chỉ đạo cấp huyện, xã, tăng cường trách nhiệm quản lý nhà nước về chất lượng vật tư nông nghiệp và an toàn thực phẩm. Song hành, cơ quan chức năng nên ban hành quy định tạm thời về thông tin tem, nhãn với thực phẩm tươi sống bán lẻ và đầu tư xây dựng chợ đầu mối nông sản. 

Mặt khác, thực tiễn đang đòi hỏi một Nghị định về kiểm soát nguồn gốc xuất xứ sản phẩm rau, quả tươi lưu thông trên thị trường: Từ vùng sản xuất đến chợ đầu mối, cần được kiểm soát chặt chẽ, sau đó phân phối tới hệ thống bán lẻ trên toàn quốc. Mỗi cơ sở phải có mã vạch riêng để truy xuất nguồn gốc xuất xứ khi cần thiết.

Ngoài ra, các hộ sản xuất cần tăng cường sử dụng thuốc sinh học, thảo mộc và áp dụng công nghệ mới trong sơ chế, bảo quản rau, quả. Các doanh nghiệp tham gia chuỗi cần đầu tư nhà sơ chế, chế biến... rau, quả đạt tiêu chuẩn an toàn nhằm nâng cao chất lượng sản phẩm. Chính quyền địa phương nâng cao việc tuyên truyền, hướng dẫn nông dân áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật trong sản xuất; duy trì phát triển mô hình chuỗi rau, quả an toàn có sự giám sát của cộng đồng...