Theo đó, Bộ Giao thông - Vận tải chấp thuận chủ trương miễn giảm giá vé trạm thu phí BOT Bắc Thăng Long - Nội Bài theo đề xuất của Tổng cục Đường bộ Việt Nam. 

Tuy nhiên, Tổng cục Đường bộ Việt Nam phải truy thu số tiền gần 1,2 tỷ đồng của Công ty cổ phần BOT quốc lộ 2 vì đã miễn giảm giá vé cho 2.083 lượt xe không đúng đối tượng; cập nhật vào doanh thu thu phí và phương án tài chính của dự án. 

Cùng với đó, để hài hòa lợi ích của người sử dụng đường bộ sống tại khu vực xung quanh các trạm thu phí sử dụng dịch vụ đường bộ của dự án BOT cải tạo, nâng cấp quốc lộ 2 đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên, Bộ Giao thông - Vận tải đã chấp thuận chủ trương giảm giá dịch vụ sử dụng đường bộ cho các phương tiện giao thông đường bộ qua các trạm thu phí của dự án theo đề nghị của Tổng cục Đường bộ Việt Nam. 

Tuy nhiên, việc miễn giảm phải tuân thủ các quy định liên quan. Bộ Giao thông - Vận tải cũng đề nghị UBND TP Hà Nội, UBND tỉnh Vĩnh Phúc kịp thời chỉ đạo các cơ quan chức năng hỗ trợ việc bảo đảm an ninh trật tự, an toàn giao thông tại các trạm thu phí của dự án.

Thời gian qua, TP Hà Nội đã nhiều lần đề nghị Bộ Giao thông - Vận tải báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét giải tỏa trạm thu phí Bắc Thăng Long - Nội Bài. 

Theo quan điểm của TP Hà Nội, trạm Bắc Thăng Long - Nội Bài không phải là trạm thu phí dịch vụ hoàn vốn của đường Võ Văn Kiệt, mà là hoàn vốn cho dự án BOT đường tránh của TP Vĩnh Yên (Vĩnh Phúc). 

Người dân không sử dụng tuyến đường tránh, đặc biệt là khách du lịch, đi sân bay Nội Bài, nhân dân huyện Sóc Sơn vẫn phải nộp tiền dịch vụ sử dụng đường bộ là không đúng.